Jakubianske katastrálne územie odvodňuje rieka Jakubianka, tečúca z pohoria priamo na sever do Popradu. V letnom čase, keď je u nás teplejšie, rieka Jakubianka je celkom malá a nenápadná riečka, ale v čase dlhších dažďov sa zmení na veľkú a bystrú rieku, takže trhá všetko, čo jej príde do cesty. Preto sa odborníci od vody márne pokúšajú vytvoriť jej vlastné pevné koryto, ktorým by stále tiekla ako poslušné dieťa a nerobila Škody. Obec Jakubany je chránená od vody hrádzou a to od roku 1958, keď bola v Jakubanoch najväčšia povodeň v dejinách. Táto hrádza sa tiahne takmer po celej dĺžke okolo Jakubian. Bola postavená za 1,5 milióna Kčs. Pre porovnanie, chlieb stal vtedy 5 Kčs, dnes 24 Sk. Vtedy rieka nemala vytvorené svoje koryto, ale sa voľne pohybovala, kde chcela, a tak si vyšla na vychádzku až do dediny, čo narobilo ľuďom starosti. A preto roku 1958, keď voda už prestala ohrozovať príbytky občanov žijúcich na kamencoch alebo v blízkosti nich, projektanti začali uvažovať o hrádzi, ktorá dnes je už pevnou ochranou Jakubian. Vtedy bola ohrozená pôvodná stará budova školy, lebo voda išla okolo nej len možno 5 metrov. Nakoľko vtedy škola nemala oplotenie, našla si voľný priechod dole dedinou, dnes okolo Mačugových dole ulicou a ďalej okolo Vojtoviča, až kým sa nespojila s hlavným tokom na kamenci. Stodoly, ktoré boli postavené na kamenci (drevené), naložené senom, si voda zobrala a odniesla ako lode skoro 500 metrov. Sám som bol toho svedkom. Tieto prívaly vôd sú spôsobené tým, že hlavný tok rieky zbiera do seba bočné potoky tečúce z hôr a v čase veľkých dažďov sa zmenia aj ony na menšie, ale prudké rieky. Spôsobené je to tým, že chotár má pod sebou nepriepustný podklad, je značné odlesnenie veľkej plochy chotára, ale menej stromov je aj v našich lesoch, potrebných na zadržiavanie väčšieho množstva vlahy. Najviac vody nieje na jar, kedy sa sneh topí v horách, ale pri dlhších dážďoch v lete.
Hlavnými prítokmi Jakubianky sú: Vyšný Torač, Nižný Torač, Sypkovka a Laščaný jarok. Práve ten Laščaný jarok narobí na nižnom konci Jakubian často veľké škody. V posledom čase to bolo roku 2001, keď pri prietrži mračien išla takým prívalom do dediny, že ľudia, ktorí pozorovali, ako sa valí, tak nestačili ani zatvoriť brány (keď ich mali otvorené). Voda išla priamo cez dvory, cez role, smerom okolo ihriska a zanášala všetko blatom a špinou z rómskej osady. Bol to hrozný pohľad po skončenej búrke, ktorá trvala asi 15-20 minút. No sú aj chvíle, keď sa Jakubanci tešia z väčšieho množstva vody, ktorá nie je príliš veľká, ale robí pre ľudi osožnú prácu, lebo prináša so sebou pomerne dosť piesku a štrku, ktorý v súčasnosti potrebujú na stavby. Vtedy po úbytku vody v koryte sa ľudia hrnú na kamence za „naším zlatom". Tento vzácny stavebný materiál sa nachádza po celom toku Jakubianky.
Ďalšia väčšia povodeň bola r. 1973, kedy voda čiastočne poškodila hrádzu, ale neohrozila vážne Jakubany, vďaka pomoci občanov. Vtedy za mostom, cez ktorý sa dostaneme dnes na obecný úrad, zobrala voda veľký kus pozemku a drevené rómske domčeky, ktoré boli postavené na mieste, kde stojí dnes murovaný Mižikárov dom. Domček sa veľmi rýchlo rozvalil po odkrájaní pôdy, na ktorom boli domčeky postavené. Rodiny sa zachránili. Tento most mal konštrukciu narušenú, a preto bol nepoužívateľný do tej doby, kým sa neopravil a za mostom sa nenavozil opäť štrk, aby sa mohlo spojiť most s cestou smerom Nad berehy a na Doliny, ktoré mali prerušené spojenie práve touto povodňou.
Hodno je spomenúť jazierko mimo Jakubian, ktoré sa nachádza v horách, Jakubiancami nazývané „Baňur" i „Ozero" v doline Voskové na juhovýchodnom svahu Repiska (1250 m). Vzniklo v dobe nedávnej zahradením doliny zosunom pôdy. Čelo sklzu zasahuje až na protiľahlý svah a je pekne zachované a od samého skízového prúdu, odJelené slabo zahĺbeným korytom potoka, vytekajúceho z jazera. Pôvodne bolo jazierko väčšie, tiahlo sa od severozápadu na juhovýchod, 112 m dlhé a v doline širokej časti asi 25 m široké. V týchto rozmeroch malo plochu asi 1790 metrov štvorcových, z ktorej asi 744 metrov štvorcových vyplnili nánosy potôčika, ktorý vteká do jazierka nádhernou deltičkou, vybiehajúcou do stredu hladiny. Náplava je zaraste-ná šachorovitými trávami. Kmene do jazera spadnutých smrekov prekážajú plavbe, preto sa nedalo zmerať hĺbku blízko dolného kraja. Najväčšia nameraná hĺbka tam, kde sa dala zmerať, je 3,5 m. Nanášaním kameňov a štrku pri búrkach sa predpokladá, že jazierko postupne za niekoľko rokov úplne zanikne.
Ľudia túto činnosť zosúvania pôdy nepoznali, preto jej pripisovali magickú silu a vznikla okolo toho povesť, ktorá zastrašovala ľudí priblížiť sa k baňuru Hovorilo sa, že zlí duchovia, ktorí sa na tomto mieste zdržiavali, strhli túto pôdu, aby si vytvorili svoj domov kdesi v jazere, ktoré vraj nemá dno. Tu vychádza občas chlap v červenej čiapočke, ako hovorili niekedy starší občania. V skutočnosti bolo jazierko hlboké asi 50 metrov, podľa odhadu zosunutej pôdy do doliny. Je pravdou, že jazierko bolo zanesené bahnom, preto nikto, kto sa pokúšal plávať po ňom a náhodou spadol do vody, nemal šancu pre bahno sa vonku dostať, pokiaľ sa mu nepodarilo zachytiť o spadnuté drevo. Vraj sa tu raz potopil furman s celým vozom aj s drevom, ktorý viezol po ceste, vedúcej v blízkosti jazierka a náhodou skízol z cesty. Dnes je z jazierka už len bažina, aleje tiež nebezpečná.
Pre človeka majú väčší význam pramene. Pôda je málo priepustná, preto je sieť potôčikov hustá a drobných prameňov je mnoho. Zhruba možno pozorovať dva bohatšie horizonty, v ktorých sa vyskytujú pramene. Vyšší horizont tvoria pramene vysokopoložených dolinných záverov v oblasti polian (horských pastvín a lúk). Za letného a jesenného sucha mnohé z nich vyschnú. Stálejšie sú pramene dolného horizontu, pramene dolinné. Nimi je najbohatšia dolina Šípkovej. Význam oboch pramenných horizontov je značný, čo vidieť zo siete ciest a pastierskych chodníkov, ktoré boli vyšlia-pané dobytkom a ľuďmi, sledujúcimi tieto pramenné horizonty. V dedine je dostatok pitnej vody. Studne sú hlboké 8-10 m.
Voda zo studní na umývanie, pranie, prípadne na polievanie záhrad už nepostačuje, preto sa obyvatelia napájajú na verejný vodovod. S prácami na vodovode sa započalo v roku 1986. Práce prevádzal podnik VÁHOSTAV. Občania iba majú pomôcť pri úprave po zahrnutí potrubia a pri prípojkách k domu. Práce sa realizujú z rozpočtu MNV. Bude sa to robiť na 5 etáp. Tým je zabezpečená kvalita čistej vody, nakoľko povyše dediny pod Kečerou je čistička vody a to pre okresné mesto Starú Ľubovňu, Jakubany a Novú Ľubovňu.
V roku 2004 sa započalo s výstavbou kanalizácie a to prvou etapou, ktorá pôjde povyše Špesa č.d. 447. Je treba povedať, že Jakubany sa postupne napoja na kanalizáciu a budú mať za sebou ďalšiu dôležitú prácu, ktorá prinesie pre obyvateľov zvýšenie životnej úrovne.